Historia szkoły zaczęła się w roku szkolnym 1935/36. Przyczyną powstania drugiej placówki w dzielnicy Główna był szybki wzrost liczby dzieci spowodowany rozbudową dzielnicy robotniczej. Przy ulicy Harcerskiej powstała nowa Publiczna Szkoła Powszechna nr 45 w Poznaniu.
Dzieci rekrutowały się prawie wyłącznie z warstwy robotniczej, nadając szkole wyraźny rys społeczny. W czasie wojny na terenie szkolnym władze okupacyjne zorganizowały obóz mieszkalny dla robotnic niemieckich, zatrudnionych w zakładach wojskowych. Wszystkie pomoce naukowe, książki i przybory zostały zniszczone, a sprzęty wywiezione do szkół niemieckich w Śródmieściu. Walka z najeźdźcą i oswobodzenie miasta nie oszczędziły dzielnicy ani szkoły. Główna była oswobodzona dość późno, jako jedna z ostatnich dzielnic Poznania. Miały tu miejsce długotrwałe i szczególnie zażarte walki. Wojska hitlerowskie broniły zaciekle swych ostatnich pozycji. Większość zakładów przemysłowych i wiele domów mieszkalnych legła w gruzach. Oba budynki szkolne zostały mocno uszkodzone.
Pierwsze spotkanie po wojnie miało miejsce 28 kwietnia 1945 roku. Wszyscy mieszkańcy zebrali się, przygotowano spisy uczniów i podział na dwie szkoły. Praca rozpoczęła się w bardzo trudnych warunkach, brakowało pomocy, podręczników, zeszytów, atramentu. Dzieci, które powinny kończyć szkołę, nie potrafiły pisać ani czytać i zasiadały w ławkach obok siedmiolatków. Niewielka była liczba dzieci, których rodzice mimo trudności wojny uczyli w domu czytania i pisania, niewielu systematycznie uczęszczało na tajne komplety. Najwyższą klasą, jaką udało się w szkole zorganizować, była klasa czwarta. Rok 1945 był dla szkoły rokiem trudnym, trwała odbudowa.
Następne lata to ciągłe problemy lokalowe, częste zmiany nauczycieli, praca z dziećmi trybem normalnym i przyspieszonym w związku z zaległościami spowodowanymi okupacją. Mimo trudności placówka organizowała zbiórki darów dla biednych dzieci i kolonie letnie. Patronat opiekuńczy nad szkołą przejęły Zakłady Metalurgiczne „Pomet”. W roku 1958 w Polsce z okazji zobowiązań dla uczczenia III Zjazdu PZPR powstała społeczna akcja budowy szkół tysiąclecia „Tysiąc szkół na Tysiąclecie”. Nauczyciele szkoły jako pierwsi w Poznaniu zobowiązali się przez cały rok zbierać fundusze na budowę szkół. W ślad za nauczycielami do akcji włączyli się pracownicy Zakładów „Pomet”. Następnie inne zakłady z terenu dzielnicy przystąpiły do akcji. Budowa szkoły trwała dwa lata. W sierpniu 1963 roku odbył się odbiór techniczny i zaczęły się przygotowania do uroczystości otwarcia. Inauguracja nastąpiła 3 września 1963 roku, jednocześnie nadano szkole imię Ludwika Waryńskiego i dokonano aktu odsłonięcia tablicy pamiątkowej. Szkoła Podstawowa nr 45 w Poznaniu od roku 1962 do roku 2000 zajmowała dwa budynki. W mniejszym uczyły się dzieci z klas I-III, a w głównym klasy IV-VIII. Od września 2000 roku w związku z reformą oświatową mniejszy budynek został przekazany nowopowstałemu gimnazjum, a główny budynek pozostał siedzibą szkoły podstawowej z klasami I-VI.
3 września 2007 roku odbyła się w szkole miejska inauguracja roku szkolnego 2007/2008 połączona z uroczystością nadania szkole imienia ORP „Poznań” – okrętu transportowo-minowego wchodzącego w skład 8. Flotylli Obrony Wybrzeża w Świnoujściu. Dokonano także odsłonięcia pamiątkowej tablicy i zaprezentowano okolicznościową wystawę pokazującą bogatą 45-letnią historię placówki.
Kolejnym znaczącym wydarzeniem było wręczenie szkole sztandaru, które miało miejsce 28 kwietnia 2008 roku na pokładzie patronackiego okrętu w Świnoujściu. Sztandar został ufundowany przez Urząd Miasta Poznania, Radę Osiedla Główna i Radę Rodziców. Jako symbol jednoczący i reprezentujący społeczność szkolną towarzyszy on uczniom w ważnych wydarzeniach szkoły i naszego miasta.
Podczas jednej z wizyt na okręcie uczniowie dowiedzieli się, że stary dzwon okrętowy „Poznania” uległ uszkodzeniu. Już rok później 19 października 2009 roku, podczas uroczystości ślubowania klas pierwszych, załodze ORP „Poznań” przekazano nowy dzwon okrętowy, który z inicjatywy szkoły został ufundowany przez Miasto Poznań.
2012 rok był czasem złotego jubileuszu naszej „czterdziestej piątej”. W październiku tego roku odbyła się uroczystość - 50-lecia szkoły, na której szczególnie serdecznie zostali powitani emerytowani dyrektorzy, nauczyciele, pracownicy szkoły oraz absolwenci. Goście uczestniczyli w pięknym rejsie po morzu wspomnień, podziwiali występy uczniów oraz absolwentów, zwiedzali szkołę, Salę Pamięci. Osoby, instytucje i firmy, które okazały szkole szczególne wsparcie, otrzymały z rąk p. Dyrektor statuetki „Przyjaciel szkoły”.
Dzięki systematycznej pracy społeczności szkolnej i bardzo dobrej współpracy ze środowiskiem lokalnym nasza szkoła jest doceniana i otrzymuje wyróżnienia. W czerwcu 2013 roku podczas ewaluacji zewnętrznej szkoła spełniła sprawdzane wymagania na najwyższych poziomach, zaś w listopadzie znalazła się w gronie 50 wyróżnionych szkól za rozwijanie zdolności najmłodszych uczniów w szkole.
19 czerwca 2015 roku odeszła na emeryturę pani Dyrektor Małgorzata Borowiak. Uczniowie, nauczyciele, rodzice i wielu gości podziękowało p. Dyrektor za edukację i wychowanie wielu pokoleń, podziękowało za odnowioną i dobrze wyposażoną szkołę.
Od września 2015 roku stery jednostki przejęła p. Dorota Urbanowicz, sprawując niełatwą i bardzo odpowiedzialną pracę dyrektora szkoły. Jej poprzednikami byli: p. Wanda Dąbrowska, p. Krzysztof Wysokiński, p. Grażyna Kaszyńska i p. Małgorzata Borowiak, których wspierali wicedyrektorzy: p. Irena Rusinek, p. Janina Włódarska, p. Urszula Paschke, p. Małgorzata Borowiak, p. Małgorzata Krotkiewska oraz p. Marlena Głowińska.
Kontynuując najlepsze tradycje swoich poprzedników p. D. Urbanowicz, podejmuje nowe działania zgodne z potrzebami współczesnej szkoły. Sprawnie został wdrożony nowy system edukacji – powrót ośmioklasowej szkoły podstawowej i wygaszanie klas gimnazjalnych – doposażone zostały pracownie przedmiotowe, wyremontowany mały budynek dla klas 1-3, zakupione podręczniki oraz sprzęt multimedialny.
Należy podkreślić, że ciągła i systematyczna współpraca szkoły z patronacką jednostką wyróżnia nas spośród innych. Uczniowie goszczą na okręcie, a marynarze są mile witani w szkole. Co roku 8 marca - w dniu pierwszego podniesienia bandery na jednostce - obchodzony jest w szkole dzień patrona, ponadto na początku roku szkolnego dowódca okrętu wraz z delegacją uczestniczy w ślubowaniu uczniów klas pierwszych. Uczniowie klas 5 corocznie goszczą na okręcie, a reprezentacja szkoły uczestniczy w uroczystościach związanych z rocznicą pierwszego podniesienia bandery. Starsi uczniowie naszej szkoły kilkakrotnie reprezentowali Poznań w projekcie „Miasta-Okręty”, z sukcesem rywalizując z młodzieżą z innych miast w konkursach sportowych i konkursach wiedzy marynistycznej.
Podejmowanym działaniom towarzyszy również matka chrzestna okrętu, pani Maria Łbik, która ponadto organizuje warsztaty malarskie i tkackie dla uczniów utalentowanych plastycznie. To prawdziwy przyjaciel szkoły.
Nasza szkoła efektywnie i prężnie działa w bardzo trudnym czasie zdalnego nauczania w związku z zapobieganiem, przeciwdziałaniem i zwalczaniem COVID 19. Wszyscy uczniowie szkoły zostali otoczeni należytą opieką, czego wyrazem są szczególne podziękowania od Rady Rodziców oraz pochlebne wypowiedzi rodziców. Jesteśmy okrętem, który podczas burzy i walki w czasie pandemii nie dryfuje, ale podąża wyznaczonym azymutem.
